Eimskip rekur nú fjórtán skip, sjö í eigu félagsins og sjö í leigu. Fjórtán skip eru notuð í áætlunarflutningum á sex mismunandi siglingaleiðum, tíu gámaskip og fjögur kæligámaskip. Öll skipin eru samkeppnishæf að stærð, búin krönum og tenglum fyrir kæligáma, með grunna djúpristu og góða stjórnhæfni.
Blá leið
Leiðin býður upp á hraðflutninga milli Reykjavíkur, Rotterdam og Teesport. Með stuttum siglingatíma er leiðin sérstaklega hentug fyrir ferskvöru eins og fisk, ávexti, grænmeti og aðrar viðkvæmar afurðir. Skipin sem þjónusta þessa leið eru Vera D og Helle Ritscher.
Rauð leið
Á leiðinni er Eimskip í samstarfi um sameiginlega notkun skipa (vessel-sharing agreement) með Royal Arctic Line (RAL) og býður vikulega þjónustu. Siglt er til og frá Árósum, Helsingborg, Bremerhaven, Færeyjum, Íslandi og Grænlandi. Skipin sem þjónusta þessa leið eru Dettifoss, Brúarfoss og Tukuma Arctica frá RAL.
Gul leið
Leiðin býður upp á hraðflutninga sem henta sérstaklega vel fyrir ferskan fisk, meðal annars frá Íslandi og Færeyjum til Bretlands. Einnig er boðið upp á hraðflutninga frá Árósum til Færeyja og ferðir aðra hvora viku til Fredrikstad og Świnoujście. Skipin sem þjónusta þessa leið eru Lagarfoss og Skógafoss.
Græn leið
Leiðin býður upp á vikulega þjónustu milli Íslands og austurstrandar Bandaríkjanna, Nova Scotia og Nýfundnalands, og þaðan aftur til Íslands. Hún tengist öðrum evrópskum leiðum í gegnum Reykjavík og býður þannig upp á skilvirka flutninga yfir Atlantshafið. Skipin sem þjónusta þessa leið eru Bakkafoss, Vivienne Sheri D og EF Ava.
Strandleið
Leiðin býður upp á vikulegar strandsiglingar frá Reykjavík. Skipið sem þjónustar þessa leið er Selfoss.
Appelsínugul leið
Leiðin býður vikulega þjónustu meðfram norsku ströndinni og áfram til Færeyja, Englands og Hollands áður en haldið er aftur til Noregs. Skipin sem sinna þessari leið eru Svartfoss, Polfoss, Holmfoss og Silver Star.
